В РГГУ ведутся многоплановые научные исследования во всех областях гуманитарных и социальных наук: в философии, религиоведении, культурологии, филологии, истории, архивоведении, экономике, юриспруденции, востоковедении, когнитивистике, в области искусственного интеллекта и др.

Работу по координации научной деятельности в университете осуществляет Управление по научной работе. Кроме того, в университете созданы научные и научно-методические советы по отдельным направлениям: Научный совет, Редакционно-издательский совет, Библиотечный совет, Научно-методический совет по аспирантуре и докторантуре, Научно-методический совет по магистерским программам, Совет молодых ученых. 

Управлением по научной работе РГГУ реализуется Программа поддержки научно-образовательных проектов РГГУ (ППНОП), утвержденная решением Ученого совета РГГУ от 24.04.2007 г. протокол № 4, в соответствии с приказом ректора РГГУ «О направлениях реализации Программы поддержки научно-образовательных проектов РГГУ в 2012 г.» от 30.12.2011 г. № 01-545/осн. Программа направлена на повышение научно-педагогического потенциала университета; поддержку научно-педагогических школ и исследовательских коллективов. Значительное внимание в Программе уделяется научно-исследовательской работе студентов, аспирантов и молодых ученых.

Подготовка кадров высшей квалификации в Российском государственном гуманитарном университете (до 1991 г. – в Московском государственном историко-архивном институте – МГИАИ) имеет большой опыт и свои традиции. Впервые право принимать к защите диссертации на соискание ученой степени кандидата исторических наук было предоставлено Московскому историко-архивному институту приказом Всесоюзного комитета по делам высшей школы в 1944 г. В настоящее время в РГГУ работают 8 диссертационных советов по 20 научным специальностям и 6 отраслям наук.

Гуманитарные чтения РГГУ призваны исследовать и обобщать основные тенденции развития отечественного и зарубежного социального и гуманитарного знания; способствовать обеспечению продуктивного взаимодействия между различными отраслями академической и вузовской науки. 

Активно ведется научная работа в филиалах РГГУ. Выбор направлений определяется, как привлечением преподавателей филиалов к участию в российских и региональных проектах, так и инициативной НИР преподавателей филиалов. Научно-исследовательские работы филиалов носят характер прикладных исследований по разработке задач развития экономики региона.

Научная деятельность университета регламентируется федеральными законами и положениями, локальными нормативно-правовыми актами. Ежегодно публикуются отчеты, содержащие полную информацию о деятельности структур и подразделений РГГУ – Dies Academicus. В нем представлены статистические данные и аналитические материалы по всем направлениям развития РГГУ как современного исследовательского вуза в гуманитарном секторе образования.