Работа историко-архивного института была приостановлена 16 октября 1941 года, когда Государственный комитет обороны объявил, что Москва находится на осадном положении. В трудных условиях осады столицы небольшая группа преподавателей и студентов во главе с профессором Павлом Петровичем Смирновым обратилась к Председателю Всесоюзного комитета по делам высшей школы при СНК СССР В. В. Чернышеву с предложением возобновить деятельность вуза, чтобы сберечь институт от полного закрытия, дать возможность оставшимся студентам и преподавателям получать зарплату и пропитание. В конце ноября 1941 года на страницах «Известий» и по радио сообщили о том, что Историко-архивный институт продолжает работать. Директором института был назначен П. П. Смирнов. Вот как об этом вспоминал сам Павел Петрович: «… среди воздушных и всяких тревог, на укрепленных и укрепляемых чугунными рогатками и пушками московских улицах, среди до неузнаваемости замаскированных зданий и построек… снова раскрылся и расцвел наш милый Историко-архивный институт». Занимая должность директора института с 12 ноября 1941 года по 15 мая 1942 года, П. П. Смирнов оставил уникальные воспоминания о жизни Историко-архивного института в начале войны.
В отделе редких книг Научной библиотеки РГГУ хранится машинописная копия воспоминаний профессора Павла Петровича Смирнова «Война и Историко-архивный институт в 1941 г.», датированная самим автором 10 февраля 1943 года. На форзаце мастерски переплетенного Смирновым экземпляра помещен изящный экслибрис с надписью: «Дар профессора Павла Петровича Смирнова Историко-архивному Институту». На протяжении всего 1941/1942 учебного года Историко-архивный институт набирал студентов. Комплектовался профессорско-преподавательский состав вуза, налаживалась работа кафедр.
Всего за 1942 год было выпущено 46 историков-архивистов. Из справки дирекции Историко-архивного института о работе за 1942 год: «Новый набор студентов проходил в трудных условиях. Принять из провинции мы не смогли, вернее, мы приняли до 80 человек, но вызвать не имели возможности. В сентябре провели большую работу в Москве и пригородах, зачислили свыше 130 человек (норма – 100 человек)».
Сократившийся с началом войны до 2,5 лет срок обучения в 1942/1943 учебном году был восстановлен до 4 лет. Сотрудники института в меру скромных возможностей старались участвовать в защите столицы. В 1943 году коллективом Историко-архивного института было собрано 22,5 тысячи рублей на строительство танковой колонны «Москва», за что он был удостоен благодарственного письма от Председателя Государственного комитета обороны СССР.
В 1942 году десятки студентов под руководством преподавателя К. Г. Митяева работали на заготовке дров для московских заводов, фабрик, больниц, школ. Студенты и преподаватели участвовали в ремонте и восстановлении зданий, пострадавших от налетов вражеской авиации.
Вопреки всем тяготам, Институту удалось не прекратить работу в годы войны. Главная заслуга в этом принадлежит П. П. Смирнову и сменившему его в мае 1942 года П. Б. Жибареву – выпускнику Ленинградского института философии, лингвистики и истории, кандидату исторических наук, до марта 1941 года являвшегося директором Челябинского педагогического института, а с 1941 года – ученым археографом научно-издательского отдела ГАУ НКВД СССР. В начале войны П. Б. Жибарев был назначен и.о. начальника научно-издательского отдела Управления государственными архивами.
